NAFTA phản ánh những cam kết rất mạnh mẽ về tự do hoá thương mại, bởi nó loại bỏ thuế quan đối với hầu hết các sản phẩm được trao đổi giữa ba nước. NAFTA bao gồm cả các điều khoản của Hiệp định thương mại tự do Hoa Kỳ-Canada đã được kí kết năm 1988. FTA này cho phép duy trì vĩnh viễn thuế quan đối với những nông sản sau: thực phẩm chế biến từ sữa, gia cầm và trứng nhập khẩu từ Hoa Kỳ vào Canada; đường, thực phẩm chế biến từ sữa và lạc nhập khẩu từ Canada vào Hoa Kỳ. Tất cả các loại thuế quan khác giữa các bên NAFTA đều được loại bỏ.
Sự khó khăn trong quá trình đàm phán và thực thi việc loại bỏ thuế quan đối với tất cả các sản phẩm trong NAFTA có thể được hiểu rõ hơn khi xem xét tính nhạy cảm về xã hội, chính trị và kinh tế của một số sản phẩm và ngành dịch vụ. Trước khi đàm phán NAFTA, một số ngành kinh tế như dệt may, thép và một số loại hình công nghiệp ô-tô được hưởng lợi do thuế nhập khẩu ở mức từ 10% đến 50% hoặc cao hơn. Thuế quan đối với nông sản thường cao hơn thuế quan đối với sản phẩm công nghiệp, và một số nông sản được hưởng lợi từ hạn ngạch và trợ cấp nhằm duy trì mức giá nội địa của một số sản phẩm, như đường và lúa mì, cho chủ trang trại. Tự do thương mại có thể khiến cho việc trợ cấp và hạn chế tiếp thị trở nên rất tốn kém để duy trì mức giá nội địa cao đối với nông sản, trong khi phải cạnh tranh với những sản phẩm nhập khẩu ở mức giá thấp.
Một trong những vấn đề thuế quan phức tạp và nhạy cảm nhất, đó là việc loại bỏ thuế quan đối với mặt hàng đường và những chất làm ngọt được buôn bán giữa Hoa Kỳ và Mexico. Theo văn bản thoả thuận cuối cùng, hạn ngạch thuế quan sẽ được duy trì trong 15 năm đối với nhập khẩu đường của Mexico vào Hoa Kỳ. Sau 15 năm, hạn ngạch thuế quan và tất cả thuế quan đối với mặt hàng đường sẽ được loại bỏ. Tuy nhiên, văn bản NAFTA lúc ban đầu có một quy định có thể cho phép Mexico tiếp cận không hạn chế vào thị trường đường của Hoa Kỳ rất sớm, từ năm 2001 (thay vì năm 2008). Tuy nhiên, sau này, khi rõ ràng là Nghị viện Hoa Kỳ sẽ không thông qua một hiệp định với quy định nêu trên, Hoa Kỳ và Mexico đã phải đàm phán những điều khoản mới về mặt hàng đường thông qua một ‘lá thư bên lề’ (‘side letter’) với việc quy định hạn chế nhập khẩu mặt hàng đường của Mexico vào Hoa Kỳ ở mức 250.000 tấn một năm hoặc thấp hơn.
Sau khi NAFTA được thực thi, Mexico đã cố gắng hạn chế nhập khẩu sản phẩm tương tự đường từ Hoa Kỳ. Sản phẩm này tên là ‘Chất làm ngọt với lượng fructose cao làm từ ngô’ (viết tắt là ‘HFCS’), là một chất làm ngọt được làm từ ngô nguyên chất. HFCS có thể được dùng để làm ngọt đồ uống không cồn. Những nhà sản xuất đường tại Mexico thuyết phục Nghị viện Mexico áp mức thuế nội địa 20% đối với nước ngọt có chứa chất HFCS, trong khi nước ngọt có đường làm từ đường mía không phải chịu thuế bổ sung. Năm 2006, Hoa Kỳ đã kiện thành công vụ Mexico-Taxes on Soft Drinks (2006) trước Cơ quan giải quyết tranh chấp của WTO (DSB), phản đối loại thuế này, bởi đó là sự vi phạm nghĩa vụ NT trong WTO.
Những cuộc đàm phán khó khăn về mặt hàng đường trong ‘lá thư bên lề’ của Hiệp định và tranh chấp WTO về chất làm ngọt HFCS phản ánh tính kinh tế-chính trị phức tạp của mặt hàng đường ở Hoa Kỳ và Mexico: Vấn đề cơ bản là cả Hoa Kỳ và Mexico đều không tuân thủ nguyên tắc thị trường tự do đối với việc mua bán mặt hàng đường. Cả hai nước đều theo đuổi việc duy trì giá đường cao hơn giá thế giới, không phải để hạn chế tiêu dùng (vì lí do sức khoẻ), mà đúng hơn là để tăng doanh thu của nhà sản xuất đường.
Đối với hàng công nghiệp, NAFTA loại bỏ tất cả các loại thuế quan đối với tất cả các sản phẩm trong giai đoạn 10 năm. Thuế quan đối với ô-tô là một trong những loại thuế quan ở mức cao nhất đối với hàng công nghiệp. ‘Tuyên bố về hoạt động hành chính’ (viết tắt là ‘SAA’) do Tổng thống Hoa Kỳ Clinton trình lên Nghị viện Hoa Kỳ bao gồm bản tóm tắt về việc xử lí giảm thuế quan đối với ô-tô và phụ tùng ô-tô: Tất cả thuế quan đối với mặt hàng ô-tô có xuất xứ Bắc Mỹ sẽ được loại bỏ trong vòng 10 năm. Mexico sẽ giảm 20% thuế quan đối với xe chở khách và xe tải nhẹ xuống 10% ngay khi thực thi NAFTA, và sẽ giảm dần 10% còn lại trong vòng 5 năm đối với xe tải hạng nhẹ và 10 năm cho xe chở khách. Hoa Kỳ cũng sẽ loại bỏ thuế quan đối với hầu hết phụ tùng do Mexico sản xuất trong quá trình thực thi Hiệp định, hoặc sau 5 năm. Thuế quan đối với một số ít phụ tùng sẽ được giảm dần trong vòng 10 năm. Thuế quan 2,5% hiện hành đối với xe chở khách sẽ được loại bỏ ngay, và thuế quan đối với xe tải hạng nhẹ (25%) sẽ được giảm xuống còn 10% ngay khi thực thi Hiệp định và được giảm dần sau 5 năm.
Việc loại bỏ thuế quan đối với ô-tô và phụ tùng ô-tô trong NAFTA làm tăng thêm sự hội nhập khu vực và sự cạnh tranh của ngành công nghiệp ô-tô ở Bắc Mỹ với sản lượng hàng năm đạt hơn 12 triệu xe. Những nhà sản xuất ô-tô từ châu Á và châu Âu đã mở nhà máy ở các bên NAFTA, và một phần động cơ của họ khi đầu tư vào Bắc Mỹ là nhằm tận dụng cơ hội từ những lợi ích của Hiệp định NAFTA.