Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế đem lại lợi ích cho cả cơ quan thuế lẫn doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế. Việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch liên kết của doanh nghiệp sẽ ổn định hơn cũng như việc thu thuế của cơ quan thuế sẽ thuận lợi hơn.
Trình tự áp dụng thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế:
Bước 1: Tham vấn trước khi nộp hồ sơ chính thức
Trong giai đoạn này, doanh nghiệp sẽ nộp hồ sơ đề nghị tham vấn và chứng minh nhu cầu áp dụng thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế của mình là phù hợp và có căn cứ.
Các trường hợp tham vấn bao gồm:
· Doanh nghiệp có kế hoạch áp dụng phương pháp này;
· Doanh nghiệp đã được áp dụng phương pháp này và muốn gia hạn;
· Doanh nghiệp đã ký APA đơn phương nhưng muốn chuyển sang APA song phương hoặc đa phương và ngược lại;
· Doanh nghiệp nhận được khuyến nghị của cơ quan thuế về việc áp dụng phương pháp này và chấp thuận áp dụng.
Hồ sơ đề nghị tham vấn bao gồm:
· Văn bản đề nghị tham vấn gửi cho Tổng cục Thuế (mẫu số 1/APA-TV ban hành kèm theo Thông tư 201/2013/TT-BTC);
· Thông tin tham vấn.
Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày kết thúc tham vấn, Tổng cục Thuế sẽ trả lời bằng văn bản về việc chấp thuận hoặc lý do không chấp thuận cho doanh nghiệp áp dụng thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế.
Bước 2: Nộp hồ sơ chính thức
Trong thời hạn 120 ngày kể từ ngày nhận được văn bản chấp thuận của Tổng cục Thuế, doanh nghiệp phải gửi hồ sơ đề nghị áp dụng APA chính thức. Chi tiết về hồ sơ chính thức được quy định tại khoản 2 Điều 9 Thông tư 201/2013/TT-BTC, bao gồm các nội dung chính sau đây:
· Thông tin về doanh nghiệp xin áp dụng APA và các bên liên kết có giao dịch liên kết với nhau;
· Loại giao dịch liên kết, quy mô giao dịch và thời gian áp dụng APA;
· Thông tin về người nộp thuế và tập đoàn; thông tin kinh tế ngành;
· Thông tin về chức năng, tài sản và rủi ro của doanh nghiệp và các bên liên kết;
· Thông tin tài chính;
· Phương pháp xác định giá thị trường;
· Các giả định làm nền tảng cho việc áp dụng APA, thông tin về nghĩa vụ thuế của các bên liên kết, bản sao chụp các hợp đồng giữa các bên…
Bước 3: Thẩm định hồ sơ chính thức
Sau khi nhận được hồ sơ APA chính thức của doanh nghiệp, Tổng cục Thuế sẽ thẩm định nội dung và hình thức hồ sơ trong thời hạn 90 ngày và có thể kéo dài thêm nhưng không quá 60 ngày. Việc thẩm định giúp Tổng cục Thuế xác định tính đầy đủ, khách quan để đưa ra bản đánh giá về phương pháp xác định giá tính thuế, làm cơ sở cho cho bước đàm phán tiếp theo.
Trong quá trình này, Tổng cục Thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp thêm tài liệu, thông tin, giải trình hoặc tiến hành khảo sát thực tế tại doanh nghiệp.
Bước 4: Giai đoạn trao đổi và đàm phán
Hình thức trao đổi và đàm phán có thể là họp, gặp mặt trực tiếp hoặc gián tiếp qua điện thoại, truyền hình trực tiếp hoặc trao đổi bằng văn bản.
Bước 5: Ký kết và lưu hành APA
Sau khi Tổng cục Thuế và doanh nghiệp đạt được sự thống nhất về các thỏa thuận APA, một bản dự thảo APA cuối cùng sẽ được ký kết và thực hiện.